La estructura interna de la Universidad Católica Tecnológica de Barahona (UCATEBA) la integran: El Gran Canciller, la Rectoría, las Vicerrectorías, el Consejo Directivo, el Consejo Ampliado, las Direcciones de Escuelas, las Direcciones Departamentales, las Unidades y cualquier otra dependencia que fuere requerida para cumplir los objetivos establecidos.

El Gran Canciller, es el Obispo de la Diócesis de Barahona, Presidente de la Fundación Católica Tecnológica de Barahona (FUCATEBA) y de la Junta de Directores.

Entre sus principales funciones se encuentran las de:

Velar por la enseñanza del Magisterio de la Iglesia en la Universidad,

Nombrar al Rector de la UCATEBA, notificándole a la Junta de Directores.

Promover la estabilidad, el desarrollo y el bienestar de la Universidad, de conformidad con los principios y normas que rigen a la Iglesia Católica.

El gobierno de la Universidad está a cargo de los siguientes funcionarios:

1. El Gran Canciller.

2. El Rector

3. Los Vice-Rectores

4. Los Directores de Escuelas

5. Los Directores de Departamentos

6. Los Encargados de Unidades

El Rector, es la persona que tiene en la UCATEBA la máxima autoridad ejecutiva, la representación legal siendo, el responsable de su dirección académica, administrativa, de vinculación y pastoral, conforme a lo dispuesto en los Estatutos Orgánicos. 

Para ser Rector, según lo establecen los Estatutos Orgánicos, se requiere ser dominicano de nacimiento y origen, con no menos de 35 años de edad, estar en pleno ejercicio de los derechos civiles y poseer un grado académico universitario.

La creación, modificación o supresión de cualquier departamento se hará por decisión de la Rectoría, previa recomendación del Consejo Directivo.